В том же 98-м Мейра на правах аренды перешел в клуб второго дивизиона "Фельгейраш". Через год он вернулся в "Виторию Гимараэш", в которой завоевал себе место в основном составе. В сезоне-1999/2000 на его счету 30 матчей и 2 гола.

Летом 2000 года Мейра за 1,2 миллиона евро перешел в "Бенфику", в которой со временем стал капитаном. В 2000-2001 годах он сыграл за лиссабонский клуб 46 матчей и забил 2 мяча. После того, как Фернанду сыграл в сезоне-2001/02 15 матчей, начался новый этап в его карьере.

В январе 2002 года центрального защитника за 7,5 миллиона евро приобрел "Штутгарт". В первом же сезоне Фернанду сыграл за свою новую команду, которую тогда тренировал Феликс Магат, 32 матча. Через год "Штутгарт", став вице-чемпионом Германии, спустя 12 лет завоевал право выступать в Лиге чемпионов, в которой он впервые дошел до 1/8 финала. На этой стадии в феврале 2004 года немецкий клуб встретился с «Челси», и в первой игре, проходившей в Штутгарте, потерпел поражение. Единственный гол в матче забил в свои ворота как раз Мейра. В ответной игре была зафиксирована нулевая ничья, и немецкая команда выбыла из турнира.

Сезон 2004/05 для Фернанду сложился не очень удачно, в бундеслиге из-за травмы в составе своей команды, которая в итоге финишировала пятой, он появился на поле лишь 16 раз. В Кубке УЕФА он провел 3 матча.

Летом 2005 года, на посту главного тренера "Штутгарта" Маттиаса Замера сменил итальянский тренер Джованни Трапаттони. Но в связи с неудачным выступлением команды, уже в феврале 2006 года ее возглавил Армин Фе, который сделал ставку на перспективных игроков, отказавшись от услуг ветеранов команды. Мейра в этом сезоне сыграл 32 матча, кроме того, он продлил контракт со "Штутгартом", срок которого заканчивался в 2007 году, до 2010 года.

В сезоне-2006/07 Фернанду стал капитаном команды, несмотря на то, что он сыграл лишь 20 матчей в бундеслиге. Несмотря на неудачный старт чемпионата "Штутгарт", благодаря финишному спурту из 8 побед, спустя 15 лет одержал победу в первенстве Германии. Во время празднований Мейра повязал вокруг руки шарф "Витории Гимараэш", отдав, таким образом, дань уважения клубу, в котором начиналась его карьера.

В сборной Португалии Фернанду дебютировал 11 октября 2000 года в матче с Голландией. На чемпионат мира в Японии и Южной Корее главный тренер национальной сборной Антонио Оливейра не взял Мейра. В качестве одного из трех футболистов, старше 23 лет, Фернанду принял участие в Олимпиаде-2004. В главную команду страны Мейра снова был вызван, когда ее тренировал Луис Фелипе Сколари. На чемпионате мира-2006 он вместе с Рикарду Карвалью составил основную пару центральных защитников, заменив травмированного Жорже Андраде. Всего за сборную Португалии Мейра сыграл 46 матчей, на его счету 2 гола.

Фернанду Мейра – вице чемпион Германии (2002/03), финалист Кубка немецкой лиги (2004/05), финалист Кубка Германии (2006/07), чемпион Германии (2006/07). В составе сборной Португалии занял 4-е место на чемпионате мира-2006.

В июле 2008 года португальский защитник покинул "Штутгарт". Причиной расставания с немецкий клубом Мейра назвал желание сменить обстановку – представитель "Штутгарта" заявил, что в 2007 году игроком активно интересовался "Ювентус", но руководство клуба наотрез отказалось расставаться с защитником. По ходу сезона Мейра неоднократно общался с руководством на тему своего трансфера, и клуб пообещал более не чинить препятствий в том случае, если поступит достойное предложение. Таковое не заставило себя долго ждать – турецкий "Галатасарай" выложил за португальца 4,500,000 евро.

За полгода Мейра успел провести 38 матчей в различных турнирах и выиграть Суперкубок Турции. В феврале 2009 года за 6,500,000 евро португальский защитник перешел в петербургский "Зенит".