В 2002 году Кержаков был признан лучшим молодым игроком премьер-лиги, и принял участие в чемпионате мира в Японии и Корее. В 2003 году Александр завоевал вторую медаль чемпионатов России, на этот раз серебряную. Ещё год спустя Кержаков забил 18 голов в премьер-лиге, став лучшим бомбардиром турнира. Был одним из лучших игроков клуба в еврокубках. Забил несколько важных мячей, в том числе и испанской "Севилье", которая захотела приобрести перспективного нападающего. Но сделка состоялась лишь спустя полгода.

К тому времени Кержаков уже не играл в основном составе питерского клуба. Несмотря на это, в испанском клубе игра у него пошла, первые несколько матчей Кержаков провел на очень хорошем уровне, помог команде завоевать Кубок УЕФА 2006-07, за что впоследствии получил звание заслуженного мастера спорта России. Кроме того, Кержаков стал обладателем кубка и суперкубка Испании 2007 года. Однако постепенно российский нападающий потерял место в основном составе испанцев, а с уходом Хуанде Рамоса в "Тоттенхэм" стал часто оставаться за пределами заявки на матч.

В итоге Кержаков предпочел вернуться в Россию и перешел в московское "Динамо". В 2008 году сверхрезультативностью блеснуть не сумел, но среди форвардов команды был самым стабильным, забив несколько важных мячей.

Член "Клуба 100" российских бомбардиров, лучший бомбардир "Зенита" за всю его историю. Обладатель Кубка УЕФА 2006/2007, бронзовый призер чемпионата Испании, бронзовый призер чемпионата России. Нападающий сборной России.

В январе 2010 года подписал 4-летний контракт с петербургским "Зенитом".